长时间使用显微镜对眼睛是有伤害的，可能导致视疲劳、干眼症、近视、调节功能异常、黄斑病变等。 1.视疲劳：长时间集中用眼，眼部肌肉持续紧张，容易出现视疲劳，表现为眼睛酸胀、疼痛、难以睁开等。 2.干眼症：眨眼次数减少，泪液分泌不足或蒸发过快，引发干眼症，导致眼睛干涩、视物模糊。 3.近视：近距离且长时间注视，眼轴容易变长，增加近视的风险。 4.调节功能异常：眼睛的调节能力下降，看远看近的切换变得困难。 5.黄斑病变：长期高强度用眼，黄斑区可能受到损伤，影响中心视力。 总之，长时间使用显微镜工作对眼睛有多种潜在危害。工作中应注意适当休息，可每隔一段时间远眺或闭目养神。如果眼睛不适症状持续不缓解，应及时就医。可使用人工泪液缓解干眼症状，如玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等。但使用任何药物都应遵医嘱。

使用显微镜对眼睛是没有伤害的，你的眼睛感觉不舒服应该是使用显微镜下工作时间太长造成的眼疲劳，不必担心，建议你日常使用滴眼露来缓解视疲劳。平时注意一下休息眼睛。