三岁九个月小儿半夜膝盖骨疼，微量元素正常，可能是生长痛、滑膜炎、关节炎、骨肿瘤、外伤等原因引起。 1.生长痛：小儿生长发育迅速，骨骼生长较快，肌肉与韧带生长相对较慢，可导致膝盖疼痛。一般无需特殊治疗，可通过热敷、按摩缓解。 2.滑膜炎：滑膜受到刺激产生炎症，导致关节积液、疼痛。需减少活动，卧床休息，必要时使用布洛芬混悬液等药物治疗。 3.关节炎：如风湿性关节炎、类风湿关节炎等，多与自身免疫有关。需进行相关检查，明确诊断后使用抗风湿药物，如阿司匹林肠溶片等。 4.骨肿瘤：较为少见，但也不能忽视。会有疼痛、肿胀等症状，需进行影像学检查，明确诊断后采取手术或放化疗等治疗方法。 5.外伤：玩耍时磕碰受伤也会引起疼痛。如有伤口需清洁消毒，若疼痛持续不缓解或有肿胀，应及时就医。 总之，小儿半夜膝盖骨疼的原因较多，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如红肿、发热、活动受限等，应及时带孩子到正规医院的儿科或骨科就诊，明确病因，进行针对性治疗。

可以行X线片检查。看下有无小孩子意外损害膝关节骨头。