肛瘘术后三个月疼痛反复，可能是伤口未完全愈合、感染、饮食不当、排便异常、活动过度等原因所致。 1. 伤口未完全愈合：术后伤口的恢复需要一定时间，如果局部组织生长缓慢，新生肉芽脆弱，可能导致疼痛。 2. 感染：术后伤口若发生细菌感染，会引起炎症反应，出现红肿热痛。 3. 饮食不当：过多食用辛辣、油腻食物，可能刺激肠道和手术部位，引发疼痛。 4. 排便异常：便秘或腹泻都会对肛门造成压力和刺激，影响伤口恢复，导致疼痛。 5. 活动过度：剧烈运动或长时间站立、久坐，可能牵扯到手术部位，引起疼痛。 总之，肛瘘术后疼痛反复的原因较多。如果疼痛持续或加重，应及时就医，医生会通过检查明确原因，并给予相应的治疗。同时，术后要注意保持肛门清洁，合理饮食，规律排便，避免过度活动。

手术切口愈合过程中病人总会有些不同的感觉，如果切口没有感染，切口生长情况良好，待切口愈合就可以了。如果反复没有愈合，建议到医院就诊明确有无假性愈合等异常。