结核性脑膜炎患者住院清醒后仍头疼，可能是炎症未完全消退、颅压变化、药物副作用、合并其他疾病、心理因素等所致。 1.炎症未完全消退：结核性脑膜炎的炎症控制需要一定时间，尽管症状有所改善，但可能仍有残余炎症，导致头疼。 2.颅压变化：治疗过程中，颅内压的波动可能引起头疼。比如脑脊液生成和吸收不平衡。 3.药物副作用：部分治疗药物可能产生不良反应，如头痛。常见的有链霉素、异烟肼等。 4.合并其他疾病：患者可能同时存在其他能引起头痛的疾病，如高血压、颈椎病等。 5.心理因素：患病后的紧张、焦虑情绪，可能导致头疼症状持续或加重。 总之，结核性脑膜炎患者住院清醒后仍头疼是较为常见的，需要综合评估各种可能因素。患者应积极配合医生治疗，注意休息，保持良好心态，大多数患者经过规范治疗后头疼症状会逐渐缓解。

引起脑炎的病毒,虫媒病毒，脊髓灰质炎病毒，柯萨奇病毒，通过蚊子传播的虫媒病毒性做个脑电图CT及脑脊液化验诊断。进一步明确病原。