早上出现血尿，尿常规有红细胞，且双肾有结石伴腰疼，可能是结石损伤泌尿系统、泌尿系统感染、泌尿系统肿瘤、血液系统疾病或剧烈运动所致。 1. 结石损伤泌尿系统：肾结石在移动过程中可能损伤肾盂、输尿管等部位的黏膜，引起出血，导致血尿和腰疼。 2. 泌尿系统感染：如肾盂肾炎、膀胱炎等，炎症刺激可使黏膜充血、水肿，出现血尿，同时伴有腰部疼痛。 3. 泌尿系统肿瘤：肾肿瘤、输尿管肿瘤等，肿瘤组织破溃出血可引起血尿，肿瘤侵犯周围组织时也会导致腰疼。 4. 血液系统疾病：如血小板减少性紫癜、白血病等，凝血功能异常，容易出现血尿。 5. 剧烈运动：过度剧烈的运动可能导致肾小球滤过膜通透性增加，出现一过性血尿。 出现血尿和腰疼的原因较为复杂，需要综合各项检查结果进行判断。如果症状持续不缓解或加重，应及时到正规医院进一步检查和治疗。

您好：您的情况考虑为肾结石所致的血尿及腰痛，肾结石是肾脏常见疾病，一般时无症状，当结石嵌顿时出现疼痛及血尿等情况。建议您口服排石药物，期间多饮温开水，多做运动，以利于结石排出，期间注意饮食，避免进食易产石食物，定期复查。