病毒性脑炎治疗后复查正常但仍有头痛不适，可能是以下原因：疾病未完全恢复、精神心理因素、血管性头痛、鼻窦炎、颈椎问题等。 1.疾病未完全恢复：虽然复查指标正常，但病毒对脑组织的损伤可能还在恢复中。 2.精神心理因素：如紧张、焦虑、压力大等，可能导致头痛。 3.血管性头痛：脑血管舒缩功能异常，引起头部疼痛。 4.鼻窦炎：鼻窦炎症刺激，可导致额头及头顶疼痛。 5.颈椎问题：颈椎病变压迫神经，也可能引起头痛。 总之，出现这种情况需要综合考虑各种因素。如果头痛持续不缓解或加重，应及时到正规医院就诊，明确原因，采取相应的治疗措施。

你这个会存在病毒性脑炎，那可能是会给你的脑部细胞存在较大的损伤，如果比较严重了那可能由于变质的脑细菌并未得到恢复，因此就会留下些后遗症，你现在的治疗总体情况可能还可以，目前又出现头部疼痛，那最好是及时治疗比较好。如果头痛严重可以口服点罗通定片、腺苷钴胺片、脑蛋白水解物片、维生素E胶丸，要加强营养。