小便后阴茎隐隐作痛可能由尿道炎、前列腺炎、尿路结石、精囊炎、阴茎损伤等引起。 1.尿道炎：细菌等病原体感染尿道，引起炎症，导致尿痛。治疗常使用左氧氟沙星、头孢呋辛酯、阿奇霉素等抗生素。 2.前列腺炎：前列腺发炎，会出现尿频、尿痛等症状。可选用坦索罗辛、多沙唑嗪等药物改善症状。 3.尿路结石：结石刺激尿路黏膜，引发疼痛。较小结石可通过多喝水、多运动排出，较大结石可能需要体外冲击波碎石或手术治疗。 4.精囊炎：精囊的炎症会导致射精痛、尿痛。常用药物有头孢克肟、环丙沙星等。 5.阴茎损伤：外伤或过度性生活等造成阴茎损伤，也会引起疼痛。一般需要休息，避免刺激，严重时需就医治疗。 总之，出现小便后阴茎隐隐作痛的情况，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿和不洁性生活。

这种情况考虑有泌尿系统的炎症。建议及时去医院检查确诊并及时治疗，以免延误病情。