健康人体对真菌具有较强的抵抗力，在下列条件真菌可进入肺部，并引起肺部真菌感染。真菌多在土壤生长，孢子飞扬空气中，可吸入肺部(外源性)，有些真菌为口腔寄生菌，当机体免疫力下降(如糖尿病)可引起肺部感染，体内其他部位真菌感染还可经淋巴或血液循环到肺部，例如颈部、膈下病灶中的放线菌，这些都是继发性肺部真菌病。临床较常见的肺念珠菌病和肺曲菌病。

轻症患者在停止诱发本病原因(如广谱抗生素、激素、免疫抑制剂和体内放置的导管)后，常能自行好转。重症则需用两性霉素B治疗，先每日0.1mg/kg溶于5%葡萄糖水中缓慢避光静滴，每日增加5mg，至每日30-40mg(不超过50mg)，维持治疗1-3个月，总剂量1-2g。滴流中加用肝素有助于防止血栓性静脉炎。药物副反应有肾、肝功能损害，心律不齐，心痛，消化道不适及寒颤、发热等，应注意观察。亦可加用氟胞嘧啶，每日口服50mg/kg，1-3个月。副反应有胃肠道不适，药物热，骨髓受抑制和肝功能损害，单用时白色念珠菌容易产生耐药性。氟康唑每日顿服50mg，必要时可增至每日100-200mg，亦可先静脉滴注，病情稳定后改为口服。酮康唑每日口服0.2-0.4g，偶有肝功能减损，较长期服用者应定期检查肝功能。咪康唑亦具广谱抗菌作用，每日600-1200mg分2-3次溶于5%葡萄糖液250ml于1-2小时滴完。疗程2-6周或更长。