女性晨起双侧肾痛且夜尿少，可能是由肾盂肾炎、肾结石、肾积水、肾小球肾炎、肾囊肿等原因引起。 1.肾盂肾炎：多由细菌感染所致，常有发热、尿频、尿急、尿痛等症状。治疗以抗感染为主，常用药物如头孢呋辛、左氧氟沙星、阿莫西林等。 2.肾结石：结石刺激肾盂或阻塞尿路可导致疼痛和尿量改变。较小结石可通过多喝水、多运动排出，较大结石可能需体外冲击波碎石或手术治疗。 3.肾积水：尿路梗阻是常见病因，如输尿管结石、肿瘤等。需解除梗阻，恢复尿液正常流通。 4.肾小球肾炎：免疫因素引发，可出现蛋白尿、血尿、水肿等。治疗包括休息、对症处理，必要时使用糖皮质激素和免疫抑制剂，如泼尼松、环磷酰胺等。 5.肾囊肿：较大囊肿可压迫肾组织引起疼痛。无症状时定期复查，有症状或囊肿较大时可能需手术治疗。 出现晨起双侧肾痛且夜尿少的症状，应及时就医，进行相关检查，如尿常规、肾功能、超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，注意休息，避免劳累和感染。

根据所述应该是肾脏或腰部肌肉疾病所致，常见的疾病有各种肾炎，腰椎疾病，腰肌劳损，泌尿系结石等。建议最好是就医给与查体结合必要的检查如x线，ct，泌尿系造影剂实验室化验应该可以确诊，确诊之前避免盲目治疗。