13 岁男孩小便呈红色且伴有疼痛，可能是泌尿系统感染、结石、肾炎、外伤或肿瘤等原因引起的。 1.泌尿系统感染：细菌侵袭泌尿系统，导致炎症，引起尿频、尿急、尿痛及血尿。治疗常使用头孢呋辛酯、左氧氟沙星、阿莫西林等抗生素。 2.泌尿系统结石：结石摩擦尿路黏膜，造成损伤出血和疼痛。小结石可通过多喝水、多运动排出，大结石可能需体外冲击波碎石或手术。 3.肾炎：免疫功能异常导致肾小球损伤，出现血尿、蛋白尿、水肿等。治疗包括休息、低盐饮食，使用泼尼松等药物。 4.外伤：外力损伤尿路，引起出血和疼痛。轻微外伤多可自愈，严重外伤需手术修复。 5.肿瘤：泌尿系统肿瘤也可能导致血尿和疼痛，但在儿童中较为少见。 总之，出现小便红色伴疼痛应引起重视，尽快到正规医院泌尿外科就诊，进行尿常规、B 超等检查，明确原因后采取相应的治疗措施。同时要注意多喝水，注意个人卫生。

根据你描述的情况，非常像是，有血尿的表现，一般这种情况就是由于泌尿系统有炎症，炎症对泌尿系粘膜造成刺激，导致毛细血管破裂，引起来的。建议到医院，查一下血常规和尿常规，看有无异常，如果是炎症引起来的，用一些比较好的消炎药控制情况，炎症消退以后，情况就会缓解了。