治疗原则：针对病因治疗，纠正营养缺乏和使用必要的代谢疗法。1.病因治疗(1)停用不耐受的饮食：如乳糖吸收不良者停止进食含乳糖的食物。(2)补充缺乏的消化酶：如乳糖吸收不良者用乳糖酶，胰腺功能不全者用胰酶。(3)细菌感染所致的慢性肠炎可酌情使用抗生素，另可适当使用微生态制剂。病因除去后，症状多数可缓解。2.营养治疗原则上应用高热量、高蛋白、低脂肪食物。重症者往往厌食、消化吸收功能差，进食的食物和药物常完整地从粪便中排出。此时可先用肠道外营养，症状好转后可改为要素饮食口服，即应用易消化或已半消化的食物。如脂肪用中链三酰甘油，糖用麦芽糖糊精或葡萄糖制成，蛋白用水解蛋白或氨基酸制成。少量多餐，逐步递增，循序渐进。目前有不含乳糖的奶粉及水解蛋白要素饮食。

肠吸收不良综合征指小肠消化及(或)吸收功能减退，使肠腔内一种或多种营养成分不能被顺利转运至体内，而从粪便中排出，使患儿发生营养缺乏，常为多种营养成分均有不同程度吸收障碍。某种营养成分吸收不良常各有其特异的临床表现。引起吸收不良综合征的病因很复杂，在营养物质消化吸收过程中，任何环节出现故障均可导致吸收不良综合征。其分类方法很多：有的按吸收障碍的营养物质分类，如糖吸收不良、脂肪吸收不良，蛋白质吸收不良等;有的按消化和吸收的病理生理变化分类，如腔内原因(消化不良)、黏膜异常(吸收不良)，运送异常(淋巴或血流障碍);也有分为原发性、继发性等。我国原发病例极少见，多为继发性。常见的病因是感染性慢性腹泻病和继发性乳糖不耐受，此外，小肠大段切除、小肠细菌过度繁殖，牛奶或大豆蛋白过敏性肠病、炎症性肠病、小肠淋巴管扩张症，肝胆胰疾病较为常见;麸质过敏性肠病和胰腺纤维囊性变则罕见，但好发于欧美白种人。其发病机制因原发病不同而异。

病因明确者针对病因治疗，辅以对症治疗；病因不明确者积极进行对症及补充性治疗。腹泻频繁者可给解痉剂或氯哌酰胺（咯哌丁胺、Loperamide商品名易蒙停）以减少腹泻次数。调整饮食，静脉补充营养、蛋白质、各种维生素、电解质。如静脉滴注脂肪乳、白蛋白、维他利匹特N（VitalipidN,一种含维生素A、D2、E、K1等的乳剂）、水乐维他N（SoluvitN，一种含维生素B1、B2、B6、烟酰胺、泛酸、维生素C、H、B12、叶酸等水溶性维生素注射液）等，必要时输血浆或全血。