对于散在的比较小的宫颈囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可；对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗；对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。上述治疗方法均无太大痛苦，也基本不会影响日常的工作和生活。但需要强调的是，既然宫颈囊肿是不可小视的红色警报—异常阴道出血慢性宫颈炎的一种表现，那么就必须清楚慢性宫颈炎与宫颈癌关系非常密切。在长期炎症刺激下，少数慢性宫颈炎患者具有恶变倾向，故仍需高度关注。因此宫颈囊肿患者每年要做宫颈涂片检查，除外宫颈癌及癌前期疾患。

患卵巢囊肿的情况多种多样，卵巢囊肿有良性和恶性之分，也有大小之分，如发现恶性肿瘤应立即手术切除，并进行化疗等，以保全生命，不考虑怀孕。如为良性肿瘤，也分赘生性和非赘生性两种。如果经检查发现卵巢良性肿瘤，应确定大小，并确定和月经周期的关系，如卵巢囊肿生长过快、过大，应尽早手术切除或剔除；有些囊肿如为畸胎瘤，可以发生蒂扭转，产生急腹痛；还有些囊肿壁较薄，易自发破裂，也发生急腹痛。因此在准备怀孕时应查清盆腔，如囊肿大于5厘米，应行手术后再怀孕。如怀孕后发现有卵巢囊肿，应定期到医院检查，如在孕期逐渐长大，最好在孕18-20周前手术切除为妥。