病毒性脑炎导致头疼的原因较多，主要包括病毒侵袭、炎症反应、颅内压升高、神经损伤以及发热等。后遗症的出现与病情严重程度、治疗及时性等有关。 1. 病毒侵袭：病毒直接侵犯脑组织，引起神经细胞功能紊乱和损伤，导致头疼。 2. 炎症反应：病毒引发的炎症会释放多种炎性介质，刺激神经末梢，引发疼痛。 3. 颅内压升高：脑炎可能导致脑组织水肿，颅内压增高，压迫神经，引起头疼。 4. 神经损伤：病毒对神经细胞的破坏，影响神经信号传导，产生疼痛症状。 5. 发热：持续发热会使脑血管扩张，也可能导致头疼。 病毒性脑炎引起头疼的机制较为复杂，患者需要及时就医，接受规范治疗，以减少后遗症的发生。治疗方法包括抗病毒治疗（如阿昔洛韦、更昔洛韦、利巴韦林）、对症治疗（如降颅压、止痛、退热）等。同时，患者要注意休息，加强营养。一般来说，经过积极治疗，多数患者预后良好，但部分严重病例可能会遗留不同程度的后遗症。

病毒性脑炎主要为对症及支持治疗，发热用退热镇痛药，有明显颅内压增高者用甘露醇等脱水剂，抗病毒药物，疗效尚难肯定。颅内压增高显著时，地塞米松、氢化可的松等激素应用可加强脱水作用。清热解毒的中药安宫牛黄丸疗效也不错。不会留下后遗症的治愈后

病情分析：你这情况可能是神经性头痛，是脑炎后遗症，完全恢复是很难的。指导意见：这可考虑吃些调理脑神经功能的药物,可选择养血清脑颗粒,镇脑宁胶囊或正天丸,配合针灸治疗将会更好。祝早日康复！