12 岁男孩长期不爱吃饭且个子矮，可能是由多种因素导致的，如不良饮食习惯、微量元素缺乏、消化系统问题、心理因素、生长激素缺乏等。 1. 不良饮食习惯：长期饮食不规律、挑食等，易导致营养摄入不均衡。应培养规律的饮食习惯，食物多样化，增加色香味的搭配。 2. 微量元素缺乏：比如缺锌可能影响食欲，缺钙影响骨骼发育。可通过补充葡萄糖酸锌口服液、赖氨葡锌颗粒等改善。 3. 消化系统问题：如消化不良、胃肠功能紊乱。可使用健胃消食片、双歧杆菌四联活菌片等药物调节。 4. 心理因素：学习压力大、情绪不佳等也会影响食欲。家长要多与孩子沟通，减轻其心理负担。 5. 生长激素缺乏：若生长激素分泌不足，会影响身高。需进一步检查确诊，必要时在医生指导下使用重组人生长激素注射液。 孩子出现长期不爱吃饭、个子矮的情况，家长应引起重视，及时带孩子到正规医院做全面检查，明确原因，采取针对性的治疗措施。

建议你去带他看看中医，他可能脾胃不好导致消化，吸收不好。小儿厌食（不思吃饭）：山楂*3钱，鸡盹皮1钱，加半碗水煮熟饭前吃完，一日二次，连吃三天，有开胃、助消化之功效消化不良（儿童消化不良同）：鸡盹皮4两炒黄研成粉，饭前用白糖水冲服、一日二次，一次2钱（约半调羹）、儿童减半、一剂服完即可，忌吃田螺。

健康指导：增高，应该多吃富含蛋白质的食物，尤其是含有"氨基酸"的食物，如：面粉、小麦胚芽、豆类、虾、螃蟹、贝类、牛肉、肝脏、猪腿肉、蛋、牛奶、乳酪及深色蔬菜等。反之，糯米、甜点等食品应尽量不吃,可乐与果汁也少吃为妙，因为其中所含的糖份多，会阻碍钙质的吸收，吃多了会影响骨骼的发育。盐也是增高的大敌，必须养成少吃盐的习惯。巧克力和一块吃也会影响对牛奶营养的充分吸收.

考虑是缺锌或蛔虫引起的厌食，挑食，一般都会伴消瘦。建议去医院行微量元素检查，明确有无缺锌，如有缺锌，需补锌，可口服葡萄糖酸锌。建议去医院行大便检查蛔虫卵，如有蛔虫，需驱虫，可口服肠虫清。可以辅助助消化的药如复B液，化积或健胃消食片。