因尿道炎导致尿道狭窄和射精功能障碍，可直接影响尿道的上皮，在感染的局部形成疤痕，这种情况严重时可造成排尿困难，同时也可以造成射精障碍，导致不育。资料统计，性功能障碍、不育患者近80%都与尿道炎的病变有关。淋菌性尿道炎最大的特点是很容易转为慢性，严重者可引起慢性肾衰竭。据最新资料统计，25%的慢性肾衰由尿道炎引起的。

生殖器疱疹引起的长疙瘩多发于男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，偶见于尿道口。原发性生殖器疱疹，往往伴有全身不适，低热、头痛等全身症状，局部淋已结肿大。本病常复发，复发性生殖器疱疹较原发者轻，损害小，往往无全身症状。原发或复发生生殖器疱疹除了有龟头冠状沟、尿道口等处长疙瘩的情况之外，可伴有排尿困难、急性尿潴留、疱疹性瘭疽、脑炎。

男性淋菌性尿道炎很容易引起膀胱炎、前列腺炎等并发症，同时由于隐伏于尿道内的细菌进入尿道隐窝，尿道旁腺，尿道球部，前列腺及精囊部，输精管，附睾及睾丸，引起膀胱炎、前列腺炎、发尿道旁脓肿等一系列并发症，对于男性生殖健康有非常大的危害。淋菌性尿道炎还会造成性功能障碍、不育。

尿道口长疙瘩可能是因为男性患者包皮过长，包皮和龟头之间的不洁之物，即包皮垢堆积起来，刺激了局部的包皮和粘膜而发生的炎症，即包皮龟头炎。另外，也不能排除是由于性生活导致的，导致男性患者患有包皮龟头炎。通常为龟头上有黄色，红色，或半白色半透明状珍珠状丘疹。其大概有1-3毫米大小。可沿着龟头冠状沟排成一行或几行。在成年男性中有24%的人群中有阴茎珍珠状丘疹，也就是龟头上有红点。