3mm的缺损不是导致呼吸急促的原因，有可能是得了肺炎这个要到国办的条件好正规医院儿科或儿科医院检查治疗。要高度警惕新生儿肺炎

45天女婴，经检查确诊为室间隔缺损，一般来说，部分患儿是可以慢慢长好的如果患儿状况很好，且到四岁仍未长全，建议选择修补手术治疗；若患儿经常感冒、哭闹且伴有肺动脉高压，建议及早手术治疗

室间隔缺损，先天性心脏病，可能自愈，不能自愈或严重心脏症状可以手术修补。暂时可以药物对症治疗。注意休息，加强护理，行心脏彩超检查，先天性心脏病，室间隔缺损，可能自愈，如果长时间不能自愈或严重心脏症状可以手术修补。暂时可以行药物对症治疗促进发育。

从你简短的描述看患儿有明确的先天性心脏病，但是呼吸急促与这个关系可能不大。由于不知道宝宝的胎龄。如果是早产儿要考虑肺部发育不成熟。如果是足月儿那可能就是肺部的疾病如肺部的感染或者心衰导致。详细的行进一步的检查以明确病因，行对症下药治疗改善。