你好直肠肛门畸形的发生是胚胎发育障碍的结果，目前相关的胚胎病因学研究尚无明确的最终结论，相关基因学的研究业已取得了初步的进展。孕末母亲羊水过多、胎动异常应引起足够重视，产前超声检查通常可以提示可疑病变。参考产前超声检查结果及生后出现的明显外科体征，结合生后出现无正常肛门开口、异位排胎便、呕吐、腹胀等典型症状，经腹部立位平片、腹部超声及消化道造影检查等必要的辅助检查手段大都可以明确诊断。希望对你有所帮助！以上是对“先天性直肠肛门畸形是由什么原因引起的?”这个问题的建议，希望对您有帮助，祝您健康！

主要是先天遗传所致！高位畸形　　（）肛门直肠发育不全：①直肠前列腺尿道瘘：瘘管开口于后尿道无肛门内括约肌外括约肌不明显盲端位于PC线上②无瘘：盲端与尿道间可有纤维索带连接无肛门内括约肌仅有外括约肌痕迹盲端平或高于PC线　　（）直肠闭锁：直肠盲端止于不同高度肛门及肛管正常有肛门内外括约肌及提肛肌且与肛管保持正常关系

　肛门直肠畸形的发生是胚胎发育发生障碍的结果。引起肛门直肠发育障碍的原因尚不清楚，近年来许多学者认为与遗传因素有关。根据文献报道，肛门直肠畸形有家族发病史者在1%以下。

先天性直肠肛门直肠发育不全：直肠前列腺尿道瘘：瘘管开口于后尿道无肛门内括约肌外括约肌不明显盲端位于PC线上无瘘：盲端与尿道间可有纤维索带连接无肛门内括约肌仅有外括约肌痕迹盲端平或高于PC线　直肠闭锁：直肠盲端止于不同高度肛门及肛管正常有肛门内外括约肌及提肛肌且与肛管保持正常关系

直肠肛门畸形的发生是胚胎发育障碍的结果，目前相关的胚胎病因学研究尚无明确的最终结论，相关基因学的研究业已取得了初步的进展。