胃食管反流常见的并发症有食管狭窄、食管溃疡、食管缩短及Barrett's食管等。对于轻微的食管狭窄，可以通过饮食限制及药物治疗改善。短期单纯性狭窄可以用Teflon扩张器治疗，必要时可行支架置入治疗。部分患者亦可行外科抗反流手术。对于食管溃疡，通常需要大剂量PPI和黏膜保护剂的治疗。Barrett's食管是胃食管反流严重的并发症。因其有恶变的可能，应进行内镜随访及活检以早期发现异型增生及腺癌。当患者有低度异型增生时，可采用大剂量的PPI治疗。中重度异型增生或出现结节状增生时可行内镜下激光、电凝、离子凝固术甚至局部食管切除。

胃食管腔因过度接触（或暴露于）胃液而引起的临床胃食管反流症和食管黏膜损伤的疾病称为胃食管反流。胃食管反流及其并发症的发生是多因素的。其中包括食管本身抗反流机制的缺陷，如食管下括约肌功能障碍和食管体部运动异常等；也有食管外诸多机械因素的功能紊乱。胃食管反流临床表现复杂且缺乏特异性，仅凭临床表现难以区分生理性胃食管反流或病理性胃食管反流。目前必须采用综合诊断技术。凡临床发现不明原因反复呕吐、咽下困难、反复发作的慢性呼吸道感染、难治性哮喘、生长发育迟缓、反复出现窒息、呼吸暂停等症状时都应考虑到胃食管反流存在的可能性，必须针对不同情况，选择必要的辅助检查，以明确诊断。

药物治疗常用雷尼替丁、法莫替丁或奥美拉唑等抑制胃酸分泌，应用氢氧化铝凝胶及氧化镁可中和胃酸，从而降低胃蛋白酶的活性，减少酸性胃内内容物对食管粘膜的损伤。并加用吗丁啉、西沙比利或莫沙必利促进食管和胃的排空，减少反流。

反流性食管炎一般治疗应避免精神刺激，少食多餐，低脂肪、清淡饮食，避免刺激性食物；不宜吃的过饱，特别是晚餐；睡前不要吃东西；忌烟、酒和咖啡，餐后不要立即躺平，睡眠时应把床头抬高，以减少胃酸反流的机会