睡觉总是被呛醒，咳嗽厉害且伴有气短，可能是由多种原因引起的，如胃食管反流病、心功能不全、气道异物、呼吸系统疾病、神经肌肉疾病等。 1.胃食管反流病：胃酸反流刺激食管和咽部，可能导致睡觉时呛咳和气短。治疗常使用奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑等抑制胃酸分泌的药物。 2.心功能不全：心脏泵血功能下降，肺部淤血，易出现咳嗽和气短。常用药物有地高辛、呋塞米、螺内酯等。 3.气道异物：异物进入气道，刺激引起咳嗽和呼吸不畅。需通过支气管镜等检查并取出异物。 4.呼吸系统疾病：如肺炎、慢性阻塞性肺疾病等，炎症刺激或气道阻塞可致症状。治疗可能用到阿莫西林、头孢呋辛、沙丁胺醇等。 5.神经肌肉疾病：如重症肌无力，影响呼吸肌功能，导致呼吸无力和咳嗽异常。治疗药物包括新斯的明等。 出现睡觉被呛醒、咳嗽气短的情况，应引起重视，及时就医，明确病因后进行针对性治疗。

根据您的描述，可考虑为支气管感染。建议：咳嗽考虑支气管感染或者肺炎.建议看医生听诊和透视确诊,必要时拍片检查确诊.轻微的感染可以服用消炎药治疗.平时多吃水果蔬菜和多喝白开水