横纹肌肉瘤的治疗需要多学科联合进行，包括外科手术、放疗和化疗。只有在诊断明确后才能制定相应的治疗计划。

1.外科手术无论是初次手术还是再次手术均应彻底切除原发肿瘤和周围一定范围的未被侵袭的组织，但是手术必须同时考虑到美容和保护器官功能，大块组织或器官的切除在横纹肌肉瘤的治疗中不再具有价值。先做活检再行辅助治疗，使肿瘤缩小再做手术比将肿瘤部分切除效果好。(1)活检：以开放手术方法进行比较可靠，针刺或细针穿刺的办法只在比较安全的情况下才考虑。肿瘤组织要足够多，一定要取淋巴结做病理以明确有否转移。如果没有完全切除睾丸旁肿瘤，则要取腹膜后淋巴结活检。头颈部肿瘤如果无临床症可不做淋巴结活检。四肢的横纹肌肉瘤则必须行局部淋巴结评估，因为这将决定放疗的范围。(2)再切除术：如果首次手术有大体或镜下的肿瘤组织残留，或者术中难以确定周围是否侵袭，那么有必要在辅助治疗实施前再度手术，此为再切除术。Hays的研究表明，四肢和躯干的镜下残余肿瘤(ⅡA级)经肿瘤床再切除手术，可在化疗和放疗前转为临床Ⅰ级，其存活率明显高于没有经再切除术的对照组和首次手术后即为Ⅰ级的病人。即使术中没有发现明显的周围组织浸润，只要术前没有估计到是恶性肿瘤而未按其原则手术，均需行再切除术，这尤其适用于四肢和躯干的肿瘤。(3)二次探查手术：二次探查手术主要是针对那些对治疗反应欠佳的患儿，其目的是明确肿瘤对治疗的真实反应情况。影像学检查在确定患者的实际反应时并不完全可靠，ISRⅢ中，75%影像学上对治疗部分或没有反应的Ⅲ级患儿，其病理上可呈现为完全反应或可通过切除残余肿瘤而达到完全反应。当然，影像学检查显示为完全反应的大多数(不是所有)病人都被第二次手术证实。对治疗显示为完全反应的患者生存率相对较高。二次探查手术对四肢和躯干部肿瘤的治疗有益，对头颈部及Ⅳ型肿瘤患儿效果有限。