最主要的功效在消化系统方面，特别有助于分解脂肪类与淀粉类食物，并促进食欲。也能改善胀气、反胃、周期性的呕吐、口臭及腹泻。能有效预防便秘，是肠的抗菌剂，据说还能消解胆结石。

肉豆蔻的使用历史比肉豆蔻干皮短，不少古文明对肉豆蔻干皮都十分看重。印度人用肉豆蔻处理肠的问题，埃及人则用它来防腐尸体。它还被做成一种意大利焚香以防御瘟疫，这种焚香中尚含有月桂、丁香、杜松、没药、香桃木和玫瑰。中世纪时，它是治痔的有名处方，人们将它磨碎后调和猪油，拿来当药膏使用。当时，它也被视为强胃的药品。

肉豆蔻精油止痛、抗痉挛、止吐、抗菌、催情、利心脏、祛肠胃胀气、通经、轻泻剂、利分娩、激励、利胃、补身。

肉豆蔻精油，有助于分解脂肪类与淀粉类食物，并促进食欲。可赋予心脏活力，促进血液循环，但是效力颇强，使用上要小心，长期使用可能会过度刺激运动神经（第三对脑神经），导致心神不宁。