色甘酸钠滴眼液的副作用较少，个别人滴眼初期有暂时轻微刺痛感，继续用药后消失，也有少数人使用会有过敏反应。因此过敏性结膜炎治愈之后，就不用再用药了，因为长期用药，会有一定的副作用，还会有一定的耐药性，总归是不好的。

罕见有不良反应，而所见的不良反应是轻微的和暂时性的。过敏反应是罕见的，常为立即型致支气管痉挛，使原有的哮喘加重及肺活量进行性下降，导致气短；延缓型表现为发热及呼吸困难。未见有致癌的报告。美国报告424例及85例两组10年安全性的研究，仅3例出现严重的不良反应，表现为肺浸润及嗜酸细胞增多。另一报告375例，仅8例发生不良反应如皮炎伴瘙痒、肌炎及胃肠炎。有人综合1982年以前的世界文献，发生面部皮疹，荨麻疹及/或周身性皮炎者13例；1例鼻充血；19例严重支气管痉挛及/或肺水肿甚至发生休克；4例嗜酸细胞性或肉芽肿性肺浸润；5例胃肠紊乱；2例排尿困难及尿痛；1例肝病及血管炎；1例心包炎；3例复发性肌炎。总的发生率，吸入治疗为2%。口服此药50～100mg每日4次，预防食物过敏时的不良反应发生率很高，可达29%。真正的停药反应尚无报告，但停药后症状可再现。特别重要的是由于用此药时，皮质类固醇用量可减少；在停药后应恢复或加大激素剂量，否则将有严重的发作。此药大概不能到达胎儿循环，因之对胎儿及后代无何影响。