规疗法的缺点是疗程较长，少数患者不能坚持用药及规律用药，而导致病变复发，或尿检查结核杆菌及脓尿持续阳性。由于利福平及异烟肼为完全的杀菌药，应用利福平及异烟肼的两期疗法，即开始强化阶段，随后继续巩固阶段，疗效很高，用药期少于12个月也是如此，展现出短期疗法的新局面

有效的药物治疗使手术治疗的地位有所改变，以往许多必须进行手术治疗的病例现在可通过非手术疗法。手术时机比较公认的是正规抗结核治疗4～6周后进行。手术方式也多种多样。手术方式根据病肾破坏情况可考虑：病灶清除术、肾部分切除术、肾切除术等。不论采用何种手术，术后仍应继续用药，参照前述标准停药。

肾结核尿的污染，以及输尿管结核沿黏膜下的蔓延，使膀胱三角区很快出现充血、水肿，逐渐出现结核结节。三角区首先受累，并很快蔓延到膀胱全壁，结核结节融合，豆渣化，形成溃疡。溃疡如果广泛侵入膀胱肌层，即使切除患肾之后，膀胱肌层中仍会发生严重的纤维化

膀胱结核继发于肾结核，少数由前列腺结核蔓延而来。膀胱结核多与泌尿生殖系结核同时存在。早期病变为炎症、水肿、充血和溃疡，晚期发生膀胱挛缩。