尿分叉的危害众多，常见有反复发作性尿道炎(淋菌性最多)者，长时间后部分尿道内膜组织形成瘢痕，致使局部尿道狭窄造成排尿不畅。还有是急性尿道炎、前列腺炎期间，由于尿道充血、肿胀、分泌物增多，也可影响尿液的通畅而出现分叉现象。此外，包皮过长、包茎所造成尿道外口部分狭窄以及尿道有结石阻塞也可出现排尿分叉。当怀疑是由以上疾病的引起的，应尽早确诊以便及时治疗。男子射精后的第一次小便也可出现排尿交叉现象，原因是部分精液还残存尿道中，海绵体充血尚未完全消失，从而导致尿流不畅。此外，大量饮酒后，也会导致前列腺充血、排尿不畅而发生尿流分叉。这些情况均属暂时的排尿变化，不是病态，也不必疑虑。经常的或长期的排尿分叉，很可能与一些疾病相关。长期排尿分叉大多由于后尿道或尿道口处狭窄，或因慢性炎症后形成瘢痕，导致了尿液不能通畅排出。

男性尿分叉的危害是很多的，唯有及时接受诊治，才是避免危害扩大化的方法。偶发或一时性的尿分叉，这大多与疾病无关。其主要是由于前尿道或尿道开口处临时有阻塞。比如，有的人清晨起床后第一次排尿可能出现排尿交叉，这是因为一整夜间，尿积存于膀胱内，膀胱内压力大，尿排出时力量大，使尿道口形态暂时改变所致。