鸭蛋营养丰富，可与鸡蛋媲美，鸭蛋含有蛋白质、磷脂、维生素A、维生素B2、维生素B1、维生素D、钙、钾、铁、磷等营养物质。吃起来较鸡蛋油润，而且鸭蛋一般都产在比较脏的地方，所以可能引致有害细菌。但若烹煮15分钟或用于烘焙就可以食用。水煮后蛋白成蓝色，蛋黄则是橘红色。只有非常新鲜的才能食用，不适于做蛋白霜。鸭蛋中的蛋白质含量和鸡蛋相当，而矿物质总量远胜鸡蛋，尤其铁、钙含量极为丰富，能预防贫血，促进骨骼发育。

咸鸭蛋含各种微量元素，营养丰富，但鸭蛋的胆固醇含量也较高，有心血管病、肝肾疾病的人应少食。咸鸭蛋含盐量高，高血压、糖尿病患者不宜多食。咸鸭蛋不宜与甲鱼、李子同食。鸭蛋性偏凉，故脾阳不足、寒湿下痢者不宜食用。鸭蛋的胆固醇含量也较高，有心血管病、肝肾疾病的人应少食。咸鸭蛋含盐量高，高血压、糖尿病患者不宜多食。此外，孕妇体内雌激素有促进水分和盐在身体内过多存留的作用，食用盐鸭蛋会使盐的摄入量远远超过机体需求量，导致孕妇高度水肿，会使体内有效血液循环量剧增，供给胎儿血液减少，影响胎儿生长发育，所以孕妇忌食。