男性小便时阴茎疼痛且有黄色分泌物，可能是尿道炎、前列腺炎、膀胱炎、淋病、尿路结石等原因所致。 1.尿道炎：多由细菌感染引起，常见致病菌有大肠杆菌等。会出现尿道刺痒、尿频、尿痛等症状。治疗常使用左氧氟沙星、头孢曲松钠等药物。 2.前列腺炎：可能因久坐、酗酒等诱发。有尿频、尿急、尿痛，会阴部坠胀等表现。可用环丙沙星、坦索罗辛等治疗。 3.膀胱炎：多因细菌上行感染。常有尿痛、尿急、下腹部疼痛。治疗药物包括磺胺甲噁唑、阿莫西林等。 4.淋病：由淋病奈瑟菌感染引起，属于性传播疾病。常有尿道口红肿、脓性分泌物等。一般用头孢噻肟、大观霉素等。 5.尿路结石：结石刺激尿路可导致疼痛和分泌物。较小结石可通过多饮水排出，大结石可能需手术治疗。 出现上述症状应及时就医，进行相关检查，明确病因，并遵医嘱治疗。同时要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿和不洁性行为。

您现在的情况还是有炎症的，建议您还是要针对病原体服消炎药治疗，如头孢唑啉钠,诺氟沙星等。您还要多喝水，如果喝水少的应给予输液，保证每日尿量在2000ml以上。您还可以服用银花泌炎灵片配合治疗。祝您早日康复！