传染性软疣患者的治疗首选刮除，以将皮损中的软疣小体完全挤出为目的，然后涂以碘酊，可有效去除皮损。其他如冷冻治疗、外用酞丁胺软膏或西多福韦软膏等均有效。避免到公共泳池游泳、使用公共洗浴设施、与他人合用毛巾等，可避免感染。同时尽量避免搔抓，防止自身接种传染。

在无菌条件下，挑破传染性软疣的顶端，可见到乳酪样的软疣小体，然后用镊子轻轻挤出。或直接用小镊子夹住疣体将其拔出，而后涂2％-2.5％碘酊，压迫止血即可。数目多者，皮损消毒后，将软疣刺破，涂以5%-10%碘酊，每日1次，可在7天内干涸脱落。

传染性软疣的最安全的药物疗法　　1、(中药治疗传染性软疣以平肝解毒为主，可用去疣汤加减，同时用板蓝根、大青叶、野菊花、白藓皮等适量煎水外洗。)　　2、中医辨证施治，采用内服、外敷的方法疗效确切，治疗速度快，增强肌体免疫力，内服药方是增强机体免疫力的功效。秘方说可以单独使用，轻者一疗程，重着几疗程也会好。

传染性软疣的外治法　　将损害中的软疣小体用小镊子夹住疣体，将之挤出或挑出，然后点入浓石炭酸或三氯醋酸，并压迫止血;亦可用刮匙刮除，外涂2%碘酒;或0.1%维甲酸酒精局部涂搽。其他，可用电干燥，液氮或干冰冷冻，巨大疣可手术切除。性伴应同时治疗。