对于三岁女孩先天性心脏病的治疗科室选择，需要综合考虑病情严重程度、治疗方式、医院科室专长、患者身体状况和家庭意愿等因素。 1. 病情严重程度：如果病情较为复杂，如存在中-重度肺动脉高压，可能需要外科手术干预，心外科更合适。 2. 治疗方式：若以药物保守治疗为主，心内科可能是首选；若涉及手术矫正，心外科则更具优势。 3. 医院科室专长：不同医院的心外科和心内科在先天性心脏病治疗方面的经验和技术水平可能不同。 4. 患者身体状况：孩子身体整体状况良好，能耐受手术，心外科的手术治疗可能更有效；若身体较弱，心内科的保守治疗可先稳定病情。 5. 家庭意愿：家长对治疗风险的接受程度和对孩子未来生活质量的期望也会影响科室选择。 总之，要综合多方面因素，与医生充分沟通，权衡利弊，为孩子选择最适合的治疗科室。

先天性心脏病一般都应手术治疗，最佳治疗时机应从患儿适应手术能力、配合术后治疗等方面来考虑，一般以3—6岁为最佳。但也有因病情不足一岁，甚至几个月时就要手术，这应由医生来决定，家长一定要作到主动配合。