怀孕 46 天自然流产的原因较多，如胚胎自身问题、孕妇身体状况、外界环境因素、不良生活习惯以及剧烈运动和性生活等。 1.胚胎自身问题：胚胎染色体异常是早期自然流产的常见原因。如果胚胎染色体存在缺陷，会影响其正常发育，导致流产。 2.孕妇身体状况：孕妇自身患有内分泌失调、子宫畸形、免疫功能异常等疾病，也可能引发流产。例如甲状腺功能减退、黄体功能不全，或者子宫纵隔、子宫肌瘤等。 3.外界环境因素：长期接触有害化学物质、辐射等，会对胚胎发育产生不良影响，增加流产风险。 4.不良生活习惯：男方烟酒过度，可能影响精子质量，从而不利于胚胎发育。 5.剧烈运动和性生活：像怀孕早期剧烈跑步以及性生活，可能刺激子宫收缩，引起流产。 总之，自然流产的原因较为复杂，多种因素可能共同作用。如果发生自然流产，建议及时就医，查明原因，为下次备孕做好准备。

根据你的叙述，应该排除子宫内膜病病变的情况。建议去医院看一下，同时做个宫腔镜或者子宫彩超检查，排除内膜糜烂或者增生的情况，然后根据具体的病变采取针对性药物或者手术治疗，引起重视。