十二岁男孩阴茎短小可能与多种因素有关，包括遗传因素、肥胖、激素水平、包茎、隐匿性阴茎等。健康问题不容忽视，身体稍有不适即应就医，听从医生的专业建议进行治疗。
1.遗传因素：遗传基因在一定程度上影响生殖器官的发育。如果家族中有阴茎发育相对较小的情况，可能会有遗传倾向。
2.肥胖：身体过度肥胖会导致腹部脂肪堆积，使阴茎看起来相对短小。
3.激素水平：体内雄激素分泌不足可能影响阴茎发育。
4.包茎：包皮口狭窄，包皮不能上翻露出阴茎头，可能限制阴茎生长。
5.隐匿性阴茎：阴茎体缩藏于体内，凸出外面的只有尖尖的小包皮。
6.发育迟缓：部分孩子发育较晚，暂时出现阴茎短小的情况。
总之，十二岁男孩阴茎短小不一定意味着异常，但需要密切关注。建议家长带孩子到正规医院小儿科就诊，进行详细检查，如激素水平检测、体格检查等，以明确原因。必要时可采取相应的治疗措施，如激素治疗、手术治疗等。但治疗需在医生的指导下进行。

你好，十二岁了阴精才一厘米，最好及时去医院抽血检查激素六项，排除发育不良的，明确后及时治疗的，阴茎的大小，与种族、家族、遗传、个体差异、以及青春期的营养状况有关。最好给孩子及时治疗。