小便时阴茎疼痛可能由尿道炎、前列腺炎、尿路结石、阴茎外伤、性传播疾病等引起。 1.尿道炎：多由细菌感染导致，常见细菌如大肠杆菌等。炎症刺激尿道黏膜，引起疼痛，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。 2.前列腺炎：前列腺发生炎症，可导致会阴部、阴茎等部位疼痛，排尿时疼痛可能加重，常伴有排尿异常、性功能障碍等。 3.尿路结石：结石在尿路中移动时，可能损伤尿道黏膜，引发阴茎疼痛，同时会有血尿、尿痛等表现。 4.阴茎外伤：如阴茎受到撞击、挤压等，导致局部组织损伤，小便时会产生疼痛。 5.性传播疾病：如淋病、梅毒等，病原体感染可引起尿道炎症和组织损伤，导致阴茎疼痛，还可能有尿道口分泌物等症状。 总之，小便时阴茎疼痛可能是多种疾病的表现，如果出现这种情况，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如尿常规、前列腺液检查、超声检查等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。

考虑尿路感染或者前列腺炎，建议医院泌尿科进一步做前列腺液常规以及尿液常规检查确定，可以服用左氧氟沙星或者阿奇霉素等抗生素治疗，注意饮食清淡