怀孕三个月上厕所有少量血，可能是先兆流产、胎盘位置异常、宫颈疾病、外力刺激、凝血功能异常等原因引起。身体感到不适时，务必及时就诊，听从医生的建议进行诊治，不要自己擅自用药。
1. 先兆流产：怀孕早期胚胎着床不稳定，或孕妇体内孕激素水平不足，可能引发先兆流产，出现阴道少量流血。一般需要卧床休息，并在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。
2. 胎盘位置异常：如果胎盘位置较低，接近或覆盖宫颈内口，也可能导致孕期出血。需要通过 B 超检查确诊，治疗方法取决于具体情况，严重时可能需要提前终止妊娠。
3. 宫颈疾病：如宫颈息肉、宫颈炎等，在孕期也可能因炎症刺激或息肉表面血管破裂而出血。通常需要根据病情的严重程度，决定是否进行局部治疗。
4. 外力刺激：孕妇剧烈运动、性生活不当、腹部受到撞击等外力因素，可能引起子宫收缩，导致少量出血。应避免此类情况，注意休息。
5. 凝血功能异常：孕妇本身存在凝血功能障碍，如血小板减少、凝血因子缺乏等，也会引起出血。需要进行相关检查，明确病因后进行针对性治疗。
总之，怀孕三个月出现阴道少量流血需要引起重视，应及时到正规医院产科就诊，进行相关检查，如 B 超、血HCG、孕酮等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇要保持心情舒畅，避免紧张焦虑。