1、保守治疗。保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停經3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会流血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。绝经期间，痛经等症状可以完全消失，但是想让卵巢内的巧克力囊肿完全消失不太可能，停药后仍有复发的可能。 　　2、手术治疗。对于一些患者来说，采用手术治疗是最好的治疗方法，尤其是囊肿较大的患者。腹腔镜微创手术是一个可以根治此病的方法。巧克力囊肿患者,有痛经、悻茭痛、经血改变和不育等麻烦。因此及早治疗是很关键的。腹腔镜微创技术是一种无痛、无创、副作用小、恢复快的技术，也是目前最受卵巢巧克力囊肿所亲睐的一种技术。

首先只能说巧克力囊中可能性大，只有病理检查才能确诊。3cm的囊肿可以先保守治疗，你吃的药是可以的，如果是炎性包块效果更好一点，根治的话只有手术：腹腔镜首选，再有就是经腹手术。

也可以选择正确的处理在于及时的手术治疗.手术方式需视患者对生育的要求而定,如患者年青并渴望生育,应尽量切除病灶,松解粘连,保留子宫及正常卵巢组织,为日后生育创造条件。 先不要太过于担心，对症治疗就能很好痊愈的，先吃药，定期去复查。 祝您早日康复。