正常肠道菌群只在肠道内黏附、定植和繁殖，形成一层菌膜屏障。通过菌群自身的调节功能，抑制并排斥过路菌群的入侵和群集。　　正常肠道菌群需要刺激宿主产生免疫功能。当菌群内大量致病菌从口腔来到肠道内时，肠道可做出最快的应对反应。　　排毒作用。特别双歧杆菌，可使肠道内过多的革兰氏阴性杆菌下降到正常水平，并减少肠道对革兰氏阴性杆菌长生的毒素的吸收。　　抗肿瘤作用。双歧杆菌和乳酸杆菌可阻止食物中致癌物质亚硝胺的合成，预防消化道癌症。乳酸杆菌能够分泌大量乳酸，可帮助加快肠道蠕动，促使粪便排出体外，减少毒素对肠壁的刺激，有利于防止大肠癌的发生。　　双歧杆菌、乳酸杆菌等能合成多种人体生长发育必须的维生素、氨基酸，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收，可帮助肠道消化。　　肠道正常菌群还能产生丁酸、醋酸等抗菌物质，抑制有害细菌的生长繁殖。

肠道的正常菌可降解未被人消化道食物残渣，便于机体进一步吸收。合成维生素B、K。可产生多种抗原物质，刺激机体发生免疫应答，使免疫系统保持活跃状态，可预防多种感染。可抑制侵入的病原菌生长繁殖甚至将其消灭。所谓正常菌群，也是相对的，可变的和有条件的，其生态平衡一旦被破坏，就会引起菌群失调