颅底凹陷症的病因较为复杂，主要包括先天性发育异常、创伤、退变、遗传因素以及其他一些少见原因等。 1.先天性发育异常：这是颅底凹陷症最常见的病因。在胚胎发育过程中，颅颈交界区的骨骼未能正常发育和融合，导致颅底凹陷。 2.创伤：严重的头部外伤可能会损伤颅颈交界区的结构，进而引发颅底凹陷症。 3.退变：随着年龄的增长，颈椎和颅底的关节、韧带等结构发生退变，可能导致颅底凹陷。 4.遗传因素：某些遗传基因的突变或异常可能增加颅底凹陷症的发病风险。 5.其他少见原因：如某些全身性疾病累及颅颈交界区，或者局部的感染、肿瘤等，也可能引起颅底凹陷。 总之，颅底凹陷症的病因多样，了解其病因有助于早期诊断和采取合适的治疗措施。一旦出现相关症状，应及时到正规医院就诊，接受专业的诊断和治疗。

颅底凹陷症的主要发病原因为先天性骨质发育不良所致，由于在胚胎发生学上，神经管在寰枕部闭合最晚，所以先天性畸形容易发生在此区。少数可继发于其他疾病。由于寰枢椎脱位造成齿突上移，也可形成继发的颅底凹陷症。颅底凹陷症可分为三种类型。　　1.先天型：又称原发性颅底凹陷症，伴有寰枕融合、枕骨变扁枕骨大孔变形齿状突向上移位甚至进入枕骨大孔内致使枕骨大孔前后径缩小。在胚胎发育2～3周时，由于胚胎分节的局部缺陷，寰椎不同程度地进入枕骨大孔内，常常与枕骨髁融合。近年来有人发现本病与遗传因素有关，即同一家族兄弟姐妹中可有数人发病。　　2.继发型：又称获得型颅底凹陷症，较少见，常继发于骨炎、成骨不全、佝偻病骨软化症、类风湿性关节炎或甲状旁腺功能亢进等导致颅底骨质变软，变软的颅底骨质受到颈椎压迫而内陷，枕大孔升高有时可达岩骨尖，且变为漏斗状同时颈椎也套入颅底为了适应寰椎后弓，在枕大孔后方可能出现隐窝，而寰椎后弓并不与枕骨相融合。　　3.脱位型：由于寰枢关节脱位，齿突向后上方移位，进入枕骨大孔引起，常常造成脊髓腹侧的受压。此种类型临床较为常见，脱位型的颅底凹陷症也可归入寰枢椎脱位的范畴。