巧克力囊肿最佳治疗方法是手术+药物，但是对较大巧克力囊肿不宜用药物治疗。常见治疗药物有：　　（1）孕三烯酮：为19-去甲基睾酮甾体类药物，有抗孕激素、中度抗雌激素和抗性腺效应，抑制FSH、LH峰值并减少LH均值，使体内雌激素水平下降，异位内膜萎缩、吸收，是一种假绝经疗法，6个月为一疗程，治疗后50%-100%患者发生闭经，症状缓解率达95%以上，副反应低，对肝功能影响较小且可逆，用药量少、方便，孕妇忌服。　　（2）达那唑：与孕三烯酮疗效相近，副作用有恶心、头痛、潮热、乳房缩小、体重增加、性欲减退、多毛、座疮、皮脂增加、肌痛性痉挛等，一般能耐受，有肝功能损害不宜使用。　　（3）口服避孕药：妈富隆等短效口服避孕药，用法每日1片，连续用6-9个月。　　（4）孕激素：狄波普维拉、甲羟孕酮、宫腔内放置曼月乐环。　　（5）促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-A类药物），此类药物可抑制垂体分泌促性腺激素，使卵巢激素水平明显下降，次疗法又称药物性卵巢切除。我国目前常用该类药物有：亮丙瑞林、戈舍瑞林，月经第一天皮下注射后，每隔28日注射一次，共3-6次，一般用药后第2个月开始闭经，使痛经缓解，停药后在短期内排卵可恢复。副反应主要有潮热、阴道干燥、性欲减退、骨质丢失等绝经症状，停药后多可消失，骨质丢失需要一年才能逐渐恢复正常。　　提醒患者：由于各人病情不尽相同，所以治疗的方案也会各异，建议在医生评估后，遵照医嘱用药。

巧克力囊肿吃药的话效果不是特别确切，当然部分比较轻微的患者是可以药物保守治疗的，建议选择中药调理。但如果比较严重的巧克力囊肿目前的主要治疗方式是手术治疗，效果会比较确切。