染色体检查虽然在医学诊断中具有重要作用，但仍有其局限性，不能解决所有问题，比如某些单基因疾病的诊断、某些感染性疾病的确诊、部分功能性疾病的判断、某些环境因素导致的疾病诊断、部分免疫性疾病的明确等。 1.单基因疾病：像血友病、囊性纤维化等单基因疾病，其致病机制较为复杂，染色体检查往往无法明确诊断。 2.感染性疾病：对于如流感、肺炎链球菌感染等感染性疾病，染色体检查并非有效的诊断手段，需要依靠病原学检测。 3.功能性疾病：像功能性消化不良、偏头痛等功能性疾病，其发病与神经调节、心理因素等相关，染色体检查难以提供诊断依据。 4.环境因素导致的疾病：长期暴露于某些化学物质导致的疾病，如慢性铅中毒，染色体检查通常无法确诊。 5.免疫性疾病：如系统性红斑狼疮，其发病与自身免疫紊乱有关，染色体检查一般不能直接得出诊断结果。 总之，染色体检查是一种重要的医学检查手段，但不是万能的。在临床诊断中，医生会根据患者的具体症状、体征和其他相关检查结果，综合判断疾病，为患者提供准确的诊断和合理的治疗方案。

染色体检查不能发现单基因异常，也不能发现染色体微结构异常。染色体微缺失和微重复等微结构异常需要通过基因芯片和荧光原位杂交等其他技术才能检出。而单基因遗传病应接受相应的分子遗传学的检查。