肉芽肿是由巨噬细胞及其演化的细胞局限性浸润和增生所形成的境界清楚的结节状病灶，可能对身体造成多方面的危害，如影响器官功能、引发疼痛、导致感染、影响美观、增加恶变风险等。 1. 影响器官功能：如果肉芽肿发生在重要器官，如肺部、肝脏等，可能会影响其正常的生理功能，导致呼吸不畅、消化异常等。 2. 引发疼痛：肉芽肿的生长可能压迫周围神经和组织，引起疼痛，尤其是在活动或触碰时。 3. 导致感染：部分肉芽肿容易发生感染，加重病情，出现红肿、发热等症状。 4. 影响美观：当肉芽肿出现在皮肤表面时，可能会影响外观，给患者带来心理压力。 5. 增加恶变风险：虽然大多数肉芽肿为良性，但少数长期存在且受到不良刺激的肉芽肿可能会恶变。 总之，肉芽肿对身体的危害不可忽视，一旦发现应及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。

肉芽肿严重患者会出现鼻中隔穿孔，鼻骨破坏形成鞍鼻。咽鼓管的阻塞能引发中耳炎，导致听力丧失。部分患者可因声门下狭窄出现声音嘶哑，及呼吸喘鸣。少数病例表现为急性喉道梗阻。胸闷、气短、咳嗽、咯血以及胸膜炎是最常见的下呼吸道症状，常继发肺部细菌感染。大量肺泡性出血较少见，但一旦出现，则可发生呼吸困难和呼吸衰竭。　　大部分病例有肾脏病变，出现蛋白尿，红、白细胞及管型尿，严重者伴有高血压和肾病综合征，终可导致肾功能衰竭。。若无肾脏受累称为局限型韦格纳肉芽肿。　　皮肤粘膜损害约见于60%病例，约1/4病例皮肤黏膜损害为首发症状，表现为下肢可触及的紫癜、多形红斑、斑疹、瘀点（斑）、丘疹、皮下结节、坏死性溃疡形成以及浅表皮肤糜烂等。其中皮肤紫癜最为常见.　　眼部损害约占20%～60%病例，可累及眼的任何区域，可表现为眼球突出、视神经及眼肌损伤、结膜炎、角膜溃疡、表层巩膜炎、虹膜炎、视网膜血管炎、视力障碍等。 　　耳部损害约占1/4的病例，可因肉芽肿引起的中耳腔、鼓窦破坏。鼻部溃疡、咽鼓管闭塞引起渗出性或化脓性中耳炎，听力减退，眩晕等表现。　　神经系统病变约占1/5左右。神经系统血管炎是产生症状的主要原因，患者以外周神经病变最常见，多发性单神经炎是主要的病变类型，临床表现为对称性的末梢神经病变。也可有运动感觉神经障碍等。也可由鼻或鼻窦肉芽肿侵犯邻近神经组织造成上睑下垂，眼肌麻痹：累及垂体后叶引起尿崩症等。　　心血管系统受累约15%左右，表现为心包炎、心肌炎、心律失常等，晚期可出现高血压，心力衰竭。　　消化系统受累者，表现为口腔，肠道粘膜发生大小、深浅不一的溃疡，出现腹痛，腹泻、便血等，偶有腮腺炎、肝炎、胰腺炎的报道。　　本病常呈进行性发展，预后较差。早期以上呼吸道症状开始，继累及全身各系统，肾脏最常见，多在半年内发病，一旦出现肾功能衰竭，是死亡的是主要原因，因此在患者出现肾功能损害前，及早采取积极治疗，是延缓病程的关键。无肾脏受累者，称为局限型肉芽肿性血管炎。