血友病治疗可能产生多种副作用，包括出血风险、感染、药物不良反应、免疫反应、血栓形成等。 1. 出血风险：在治疗过程中，如果凝血因子补充不足或治疗不及时，仍可能出现自发性出血，如关节腔出血、肌肉出血等。 2. 感染：输注凝血因子等血制品可能增加感染的机会，如病毒感染（如乙肝、丙肝、HIV 等）、细菌感染。 3. 药物不良反应：使用止血药物如氨甲环酸，可能出现恶心、呕吐、头晕等不适。 4. 免疫反应：长期接受凝血因子治疗，可能产生抑制物，影响治疗效果。 5. 血栓形成：在某些情况下，过度补充凝血因子可能导致血栓形成。 总之，血友病患者在治疗过程中需要密切监测，医生会根据具体情况调整治疗方案，以减少副作用的发生。患者也应遵循医嘱，定期复查。

虽然血友病患者并不需要长期服用抗生素类药物，但长期注射因子补充试剂仍存在不小的风险。上文已经提到长期注射血浆制剂容易感染血源传播性疾病，但补充凝血因子最棘手的副作用是容易产生抑制物，一旦产生抗体有时花上百万元也无法消除。 基因重组和非基因重组的制剂都可能产生同种抗体，这种抗体往往是对同种的异体蛋白产生的抗体，即使更换了其他的因子也难以消除。我国大概有5%的血友病人产生了这种抑制物。这些病人在产生抗体之前每周注射1-2支制剂就可以了，现在则要用到三四倍的量，治疗费用也相应的增加。更可怕的是产生抗体的病人出血的风险也在升高，增加的剂量还不一定能止血，治疗难度非常大。产生抗体的机制比较复杂，目前认为这种现象和基因变异可能有关，也有可能关联着某一些特定群体也有关。