子宫内膜异位症的恶变率相对较低，约为 0.7% - 1%左右。其恶变与多种因素相关，如病程长短、异位内膜的位置、患者年龄、激素水平等。 1.病程长短：病程较长的患者，子宫内膜异位症恶变的风险可能相对增加。 2.异位内膜的位置：卵巢部位的异位内膜较其他部位更易发生恶变。 3.患者年龄：年龄较大的患者恶变几率相对偏高。 4.激素水平：体内激素失衡，尤其是雌激素水平过高，可能增加恶变风险。 5.遗传因素：有相关家族遗传病史的人群，恶变风险可能稍高。 总之，虽然子宫内膜异位症恶变率不高，但患者仍需重视，定期复查，以便早期发现异常并及时处理。

中山医科大学第一附属医院随诊了4519例子宫内膜异位症患者12年，仅1例恶变，浙江医学院1981年～1999年工收治子宫内膜异位症患者2479例，恶变151例。占1%。现在国外报道的恶变率是0.7%～1.0%，国内有报道为1.0%～1.5%。长期随诊，恶变的平均时间为8年。事实上，临床恶变率的确存在一定困难，因为： 　　1) 子宫内膜异位症的确切发病率尚不确定，缺乏正规的大规模的流行病学调查。 　　2) 病理取材时主要针对恶性部分，可能会遗漏部分子宫内膜异位病灶。 　　3) 恶变的组织快速生长，破坏了原发组织。导致找不到组织学依据的结果。 　　4) 客观上存在大量未统计在内的保守治疗的患者 　　5) 由于病理医生认识不足，可造成部分病例误诊。 　　所以发病率只能反映某家医院或某个地区的情况普遍认为实际的发病率可能比报道的要高。