肝穿刺检查是一种有创的诊断方法，可能存在一些缺点，如出血、疼痛、感染、穿刺失败、潜在并发症等。 1.出血：穿刺过程中可能损伤肝脏内的血管，导致出血。少量出血一般可自行停止，大量出血则较为严重。 2.疼痛：穿刺会造成一定程度的组织损伤，引起疼痛，通常在术后数天内逐渐减轻。 3.感染：虽然严格消毒，但仍有发生局部或全身感染的风险。 4.穿刺失败：由于肝脏病变的不均一性或操作技术等原因，可能取不到有代表性的组织，导致检查结果不准确。 5.潜在并发症：极少数情况下，可能引发气胸、胆汁性腹膜炎等并发症。 总体而言，肝穿刺检查对于某些肝脏疾病的诊断具有重要意义，但在决定进行该项检查前，医生会充分评估风险和收益，并采取相应措施尽量减少缺点带来的影响。

诊断肝脏疾病，影像学和血清学有各自的优势，可从不同的角度反映病变的程度。就目前的诊断方法而言，肝穿刺的方法，即肝组织学的结果对于肝脏疾病的诊断最为可靠。因此，很多人把肝穿刺活检视为诊断的“金标准”。　　但是，即使是“金标准”，它也只是相对的，因为肝穿刺取出的标本很小，一般长1～2厘米，约为整个肝脏重量的1/2000000。慢性肝病的病变分布并不是均匀一致的，因此可能出现抽样误差。肝硬化的患者由于肝脏纤维化程度重，在穿刺操作时，有可能只取到肝实质，而将纤维组织遗漏，造成肝硬化的漏诊，肝硬化的漏诊率约为20%。