在埃索美拉唑镁肠溶片的临床试验中已确定或怀疑有下列不良反应，这些反应均没有剂量相关性。
1.常见反应(>1/100，<1/10)头痛、腹痛、腹泻、腹胀、恶心、呕吐、便秘。
2.少见反应(>1/1000，<1/100)皮炎、瘙痒、荨麻疹、头昏、口干。
3.罕见反应(>1/10000，<1/1000)过敏性反应，如血管性水肿，过敏反应。肝转氨酶升高在消旋体（奥美拉唑）的使用中曾观察到下列不良反应，因而在埃索美拉唑的使用中也可能发生。
1.中枢和外周神经系统：感觉异常，嗜睡，失眠，眩晕。
2.可逆性精神错乱，激动，易攻击，抑郁和幻觉，主要存在于严重疾病患者。
3.内分泌：男子女性型乳房；
4.胃肠道：口腔炎和胃肠道念珠菌病。
5.血液学：白细胞减少症，血小板减少症，粒细胞缺乏症，全血细胞减少症。
6.肝脏：脑病（先前有严重肝病者）
；7.黄疸或非黄疸性肝炎；肝衰竭。
8.肌肉骨骼：关节痛，肌无力和肌痛。
9.皮肤：皮疹，光过敏，多形性红斑，史蒂文斯-约翰逊综合征，中毒性上皮坏死，脱发。
10.过敏反应：发热，支气管痉挛，间质性肾炎。
多汗，外周水肿，视力模糊，味觉障碍和低钠血症。 过量使用埃索美拉唑的经验非常有限，与280mg剂量相关的症状表现为胃肠道症状和无力。单剂量使用80mg埃索美拉唑无异常反应。没有已知的特异性解毒剂。埃索美拉唑广泛地与血浆蛋白质结合，因此难以透析。对任何过量中毒的治疗，应采用对症处理和全身支持疗法。意见建议：注意进食情绪，避免精神紧张和情绪抑郁，否则会引起胃功能紊乱，不利于溃疡愈合;因为暴饮暴食会破坏胃酸分泌的节律性。