纤维肌痛综合症的症状如疲乏、疼痛是临床上常见的症状。它需要下列几种疾病相鉴别。
1.精神性风湿痛：纤维肌痛综合片易与精神性风湿病相混淆，但两者有显著不同。精神性风湿有带感情色彩的症状。如把疼痛描述成刀割炎烧样剧痛，或描述为麻木、发紧、针扎样或压迫性疼痛。这些症状常定位模糊。变化多端，无解剖基础，且不受天气或活动的影响，患者常有精神或情感紊乱，如精神神经病、抑郁、精神分裂症或其他精神病。区别两者是重要的，因前者更难处理，常需精神病专家治疗。
2.慢性疲劳综合征：慢性疲劳综合征包括慢性活动性EB病毒感染和特发性慢性疲劳综合征。表现为疲劳、乏力，但缺少基础病因。检查患者有无低热、咽炎、颈或腋下淋巴结肿大，测定抗EB病毒包膜抗原抗体IgM，有助于鉴别二者。
3.风湿性多肌痛：风湿性多肌痛表现为广泛性颈、肩胛带、背及骨盆带疼痛。但根据血沉快、多见于60岁以上老人、滑膜活检示炎性改变、对激素敏感等特点，可与纤维肌痛综合症相鉴别。
4.类风湿关节炎：RA和纤维肌痛综合症病人均有全身广泛性疼痛、发僵及关节肿胀的感觉。但纤维肌痛综合症的关节无肿胀的客观证据，它的晨僵时间比RA短，实验室检查包括类风湿因子、血沉、关节X线片等也都政治。纤维肌痛综合症疼痛分布范围较广泛，较少局限于关节，多位于下背、大腿、腹部、头部和髋部，而RA的疼痛多分布于腕、手指和足趾等部位。
5.肌筋膜痛综合征：肌筋膜痛综合征亦称局限性纤维炎，也有学问压痛点，易与纤维肌前点征相混淆。
但两者在诊断、治疗和预后上都有不同之处。肌筋膜痛综合征的压痛点通常叫激发点，按压这一点，疼痛会放射到其他部位。虽然病人感到疼痛，但他们可能不知道激发点任何处。肌筋膜综合征通常只有一个或聚集在局部的几个激发点。激发点起源于肌肉，受累肌肉活动受限，被动牵拉或主动收缩肌肉均可引起疼痛。用1%普鲁卡因局部封闭激发点可暂时消除疼痛。它与纤维炎不同，没有广泛的疼痛、僵硬感或疲乏等症状。但是如果持续性的疼痛引起Ⅳ期睡眠障碍，肌筋膜综合征就可能演变为纤维肌痛综合征。肌筋膜综合征通常由外伤或过劳所致治疗由于纤维肌痛综合征的病因不明，因此对它的治疗方法不多；目前的治疗主要是改善睡眠状态，减低痛觉感受器的敏感性，改善肌肉血流等。治疗方面最重要的一点是给病人解释。首先，病人应清楚地知道纤维肌痛综合征并不会造成残疾，更不会危及生命，预后良好，从而得到莫大的安慰，以解除病人的焦虑和抑郁。有精神或情绪创伤诱因的应予以排解。这就是说，精神治疗是比药物治疗更重要的一个方面。病人应努力改善睡眠，以积极的态度配合治疗；平时应注意保暖，避免寒冷与潮湿；适当地进行体育锻炼，