阿米巴痢疾的鉴别诊断需综合多方面，检查方法也多样，包括病原学、影像学等。常见的需与细菌性痢疾、溃疡性结肠炎等鉴别，检查有粪便检查、肠镜等。当身体感到不适时，务必及时就医，听从医生的指示进行诊治，不宜自己随意用药。
1.鉴别疾病：
细菌性痢疾：常有发热、腹痛、里急后重，粪便中有大量脓细胞。
溃疡性结肠炎：病程长，肠镜下可见黏膜弥漫性充血、水肿、糜烂。
肠结核：多有低热、盗汗等全身症状，肠镜及病理检查可鉴别。
直肠癌：可有便血、排便习惯改变，直肠指检及肠镜可明确。
血吸虫病：有疫水接触史，粪便中可查见虫卵。
2.检查方法：
粪便检查：查找阿米巴滋养体和包囊。
肠镜检查：直观观察肠道黏膜病变。
血清学检查：检测阿米巴抗体。
分子生物学检查：如PCR技术，提高诊断准确性。
血常规：了解白细胞等情况。
通过综合分析鉴别疾病和多种检查方法，有助于明确诊断阿米巴痢疾，以便及时治疗。

典型阿米巴痢疾诊断不难，往往需借助结肠镜检查、血清学检查及诊断性治疗等措施。一般起病较慢，中毒症状较轻，痢疾样腹泻次数较少，有果酱样大便，容易反复发作。由于其症状轻重不一，且缺少特征性，故对慢性腹泻或有含糊不清的肠道疾病者，应考虑有本病可能。粪便检查是确诊的重要依据。发现病原体后尚须鉴别非致病性阿米巴原虫。目前血清学检查发展很快，是诊断阿米巴病的关键性实验。