阴茎根部出现小肉芽可能由多种原因引起，如尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹、皮脂腺异位症、传染性软疣、阴茎癌等。药物治疗需谨慎，身体出现不适时，应首先寻求医生的意见，避免盲目用药。
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染所致，多通过性接触传播。症状为菜花状、鸡冠状的赘生物。治疗常采用激光、冷冻、电灼等物理方法，或外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等药物。
2.珍珠状阴茎丘疹：多沿冠状沟分布，为珍珠样丘疹，一般无需治疗。
3.皮脂腺异位症：表现为淡黄色或白色小丘疹。通常不影响健康，无需特殊处理。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，为半球形丘疹，中央有脐凹。可通过刮除、钳夹等方式去除。
5.阴茎癌：较为少见，早期为丘疹或疣状结节，逐渐增大。治疗以手术为主，结合放疗、化疗。
总之，阴茎根部出现小肉芽应引起重视，及时到正规医院的泌尿外科就诊，进行相关检查，如醋酸白试验、病理活检等，以明确病因，并在医生的指导下选择合适的治疗方法。同时，要注意个人卫生，避免不洁性行为。

根据你描述,不排除尖锐湿疣的可能性,可进一步确诊后及时正确治疗,以免贻误病情。男性尖锐湿疣的症状多见于包皮系带,冠状沟,包皮,尿道,阴茎,肛门周围和阴囊.男性尖锐湿疣的症状初为淡红或污红色粟状大小赘生物,性质柔软,顶端稍尖,逐渐长大或增多。治疗尖锐湿疣最权威的方法是用传统中药治疗,既快又彻底,无任何痛苦,不复发,疣体自然脱落,常规治疗方法有激光,冷冻等物理疗法以及外用药,这些方法只能去除疣体,不能清除病毒很容易复发,尖锐湿疣复发率很高,正确治疗的关键是抗复发,建议你用传统中药穿山甲,川黄连,败酱草,赤芍,铁胆粉,海南沉,黄芪,板蓝根,野菊花,生地,茵陈等治疗,服用后可使体内产生大量的内源性干扰素,比注射干扰素疗效强大40倍以上,从而强力阻断尖锐湿疣病毒dna的复制,就象给人结扎一样,使其不能产生新的病毒,从而彻底清除尖锐湿疣病毒,达到根治尖锐湿疣的目的。

湿疣是由人类乳头瘤病毒感染引起的一种性传播疾病。手术疗法 对于单发、面积小的湿疣，可手术切除；对巨大尖锐湿疣，可用mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净，单一手术复发几率很高。