可以考虑中医保守治疗方案，在减小肾脏的同时，还对受损肾功能有很好的修复作用，可以达到从“本”的治疗，不易反复。建议使用肾囊消肿方，在服药的同时多注意休息，避免剧烈的体力劳动，饮食注意过咸、不吃辛辣刺激的食物。手术治疗一般只能缓解一时之苦，将较大的肾囊肿消除，一旦大的囊肿被消除，就会给小的囊肿空出更大的生长空间，造成恶性循环。

单纯性肾囊肿生长缓慢，对于一般情况良好，无特殊不适症状的患者，一般无需特殊治疗，但应定期复查。囊肿大于5厘米以上或(和)有症状时需治疗，治疗方法有以下几种。
(1)B超引导下囊肿穿刺引流：先用B超确定囊肿的大小、位置、深度以及穿刺的方向，然后在B超引导下将特殊的穿刺针插入到囊肿内，先抽出囊液，再往囊肿内注入一定量的硬化剂(如无水酒精等)，冲洗囊腔，最后保留一部分硬化剂在囊肿腔内。这样做可以把囊壁破坏掉，使其不再产生囊液，还可以使其形成粘连，防止囊肿复发。经过这样的治疗，囊肿能缩小甚至消失。
(2)应用腹腔镜进行囊肿去顶减压：在腹壁做三个小切口，应用腹腔镜及相关的器械切除一部分囊肿的壁，以引流囊壁所产生的囊液。虽然手术创伤较小，但仍需全身麻醉，目前由于B超引导下穿刺技术发展成熟，这种手术方法已逐渐减少。
(3)开放手术：对于反复感染、并发严重结石、严重血尿或有恶变时，可考虑囊肿或肾切除术。
另外，如出现肾盂肾炎应想到囊肿感染的可能，常用喹诺酮类药物如左氧氟沙星或复方磺胺甲嘿唑，2周为一疗程。肾区疼痛明显时可用止痛药物，但不要长期大量服用，因为止痛药物可能造成肾脏损害。如疼痛持续甚至加重，应至医院就诊，排除感染或出血可能。