慢性菌痢是由痢疾杆菌引起的肠道传染病，病程超过2个月。治疗需综合考虑多个方面，包括抗菌治疗、对症治疗、饮食调整等。身体健康为重，一旦感到不适，应及时就医，避免自行诊断用药带来的风险。
1.抗菌药物选择：可选用氟喹诺酮类药物如诺氟沙星、环丙沙星等，也可使用磺胺类药物如磺胺嘧啶等。
2.对症治疗：发热时给予物理降温或解热镇痛药；腹痛明显者可使用颠茄片等解痉药。
3.肠道微生态调节：补充益生菌，如双歧杆菌四联活菌片等，以恢复肠道正常菌群。
4.营养支持：保证充足的营养摄入，选择易消化、富含维生素和蛋白质的食物。
5.中医治疗：可采用中药灌肠等中医疗法。
慢性菌痢治疗需综合多种方法，患者应严格遵医嘱用药，注意饮食卫生，定期复查。

慢性细菌性痢疾确实可表现为腹痛、脓血便，可通过大便常规来进行确诊。治疗首先应该抗菌治疗，根据大便培养结果选择药物。2、调整肠道功能口服肠粘膜保护剂(思密达)及微生态调节剂（培菲康）。3、饮食疗法鼓励正常进食。要求饮食高热量、高蛋白、低乳糖、低渗透压。注意补充维生素A及叶酸。4、药物保留灌肠肠粘膜残留病变者采用本疗法。5、中医中药本证为脾肾阳虚兼大肠湿热，治则为健脾补肾活血兼清湿热，如附子理中汤加减，参苓白术散加减。针刺足三里、天枢。