怀孕三个月时出现小腹疼痛难忍且频繁跑厕所，可能是由于子宫增大、肠道问题、先兆流产、泌尿系统感染、宫外孕等因素引起。自行处理身体不适可能加重病情，及时就医并遵循医生的治疗方案是关键。
1.子宫增大：孕期子宫逐渐增大，可能会对周围组织产生牵拉和压迫，导致轻微腹痛，但通常不会疼痛难忍。
2.肠道问题：如肠炎、肠痉挛等，可能因饮食不当、腹部着凉等引发，会有腹痛、腹泻症状。
3.先兆流产：多伴有阴道流血，腹痛常为阵发性下腹部坠痛。
4.泌尿系统感染：尿频、尿急、尿痛，下腹疼痛，多因细菌感染所致。
5.宫外孕：受精卵在子宫腔外着床，会出现一侧下腹部剧痛，常伴有阴道流血。
出现这种情况应尽快就医，进行相关检查，如B超、血检等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。孕期用药需谨慎，务必遵医嘱。

关键看你这个腹泻是病毒感染还是细菌感染还是消化不良的可能才能判断.我建议你看看医生,控制腹泻.对小孩可以暂时观察