皮损初起为单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后渐增多增大，依表面症状形态可分为无柄型（即丘疹样皮损）和有柄型，后者可呈乳头状、菜花状、鸡冠状及蕈样状；表面症状常呈白色、粉红色或污灰色，表面易发生糜烂，有渗液、浸渍及破溃，尚可合并出血及感染；多数患者无明显自觉症状，少数可有异物感、灼痛、刺痒或性交不适。

男性生殖器疱疹在龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊等处。生殖器疱疹临床表现中可分为原发和复发两种，原发指首次感染病毒，一般从接触到发病约2～10天，也就是潜伏期，患病部位现有烧灼感，很快在红斑基础上发生3～10个成群的红色丘疹，伴有瘙痒，丘疹很快变成小水疱，3～5天后变为脓包，破溃后形成大片的糜烂和溃疡，自觉疼痛，最后结痂愈合。 在早期，多数患者一般无症状。损害大小及形状不等，可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害。在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感;有恶臭味;有时小的生殖器疱疹可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难;直肠内生殖器疱疹可发生疼痛、便血，而直肠内大的生殖器疱疹则可引起里急后重感。

患者生殖器部位有烧灼感，出现红斑，随后在红斑基础上出现成簇分布的小水疱，几天后可以发展为脓疱，逐渐破溃，糜烂溃疡，患者自觉剧烈疼痛。男性发病多位于龟头、冠状沟等处，有时可并发尿道炎。多数患者有并发症状如双侧腹股沟淋巴结肿大。