生殖器疱疹严重的影响患者的生育质量，如果妇女患生殖道生殖器疱疹以后，在分娩的时候，通过产道的婴儿就可能被传染，引起婴儿咬吸道疣。直接接触或者是间接的接触被污染的物品以后，就可能导致眼角膜的乳头状瘤和口腔黏膜的乳头状瘤。生殖器疱疹的发生，还可能引起癌变。

生殖器疱疹早期症状有初发时，大都为微小淡红色小丘疹，皮疹逐渐增大或增多，互相融合和重叠，呈凹凸不平的乳头状。由于引起生殖器疱疹的hsv类型、感染时间的长短、受感染者的个体、性别、部位等不同而出现大小不等、形状各异的表面症状等多种生殖器疱疹早期症状。小者仅肉眼可见，大者可覆盖整个外阴和肛门，有阴茎癌样，有色素痣样，有点滴状，有条索状，有菜花状，有叶状，有斑快状，有蛎壳状，有结节状，有针刺状，有丘疹状，有丘疱沫状，有鸡冠状，有蕈样，有泡沫样等一系列生殖器疱疹早期症状。

在早期，多数患者一般无症状。损害大小及形状不等，可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害。在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感;有恶臭味;有时小的生殖器疱疹可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难;直肠内生殖器疱疹可发生疼痛、便血，而直肠内大的生殖器疱疹则可引起里急后重感。